Sólo existen unas pocas fuentes confiables acerca de la protohistoria y los primeros indicios de vida humana en Namibia. El hallazgo paleontológico más antiguo es un maxilar de Otavipithecus namibiensis, con una antigüedad de 12 millones de años, descubierto en la mina Kombat Mine, Otavi.

Las primeras pinturas rupestres fueron halladas en las llamadas cavernas de Apollo 11, en las montañas Hunsberge del sur de Namibia. Se estimó que provenían del 26.000 a.C. Por el contrario, las demás formaciones rocosas de Namibia —por ejemplo, las de Twyfelfontein— datan de tiempos más recientes. Pero se puede suponer que ya en el año 3000 a.C. vivieron en Namibia los primeros hombres de la selva. En el siglo XV, pueblos pastores de la etnia bantú salieron de la región de �frica Oriental y se desplazaron hacia el norte y el noroeste de Namibia. Los himba permanecieron en Kaokoveld, los herero se movilizaron más tarde hacia el sur, donde se toparon con los nama, que se dirigían desde Oranje hacia el norte.

La época precolonial, a comienzos del siglo XIX, está marcada de forma decisiva por el trabajo de los misioneros. La Sociedad Misionera del Rin actúa con particular compromiso en el sur de Namibia. En 1811, el misionero Heinrich Schmelen hace erigir en Bethania la primera iglesia de piedra (y primera casa hecha con piedra) de Namibia. Surgen muchas otras misiones e iglesias, por ejemplo en Otjimbingwe, en Okahandja y en Gobabis. Los misioneros son seguidos por comerciantes, científicos y aventureros.

En 1840, el jefe nama Jan Jonker Afrikaner funda un asentamiento en Klein-Windhoek, una zona de abundante agua, y sienta con ello los cimientos de la postrera ciudad capital de Windhoek. También los misioneros de la Misión del Rin, guiados por Carl Hugo Hahn, se establecen aquí poco tiempo después.

La segunda mitad del siglo XIX está signada por los duros enfrentamientos bélicos entre los nama y los herero, que luchaban por las praderas y tierras de caza que, debido a las persistentes sequías, se volvían más escasas. En 1880, los herero, a las órdenes del jefe Maharero, derrotan a los nama y conquistan Windhoek. Comienza así la última gran guerra entre los nama y los herero, que dura diez años.

A comienzos del período colonial alemán era muy difícil alistar colonos. El motivo fundamental era la guerra constante entre los herero y los nama. Por esa razón, la tarea de la tropa de protección, que constaba al principio de sólo 23 hombres y que en 1889, a las órdenes del capitán Kurt von François desembarcó en Walvis Bay, consistiría esencialmente en mediar entre los dos grupos étnicos enfrentados. No obstante ello, los nama, bajo el mando de su jefe Hendrik Witbooi, se resistieron a la nueva potencia colonial.

Sería recién el mayor Theodor Leutwein, sucesor de François, quien lograría en 1894 la firma de un tratado de paz con los nama, que sin embargo se mantuvo hasta 1904.

A pesar de que el Imperio Alemán obsequiaba tierras para fincas de manera generosa, los pobladores empezaron a aparecer con grandes titubeos. En 1897 se desató en el país una peste bovina. Casi la mitad del ganado bovino se perdió, lo cual afectó seriamente también al transporte, que se basaba en la tracción con bueyes. Sin embargo, para 1904 ya se habían establecido en el país unos 1000 colonos blancos.

El 12 de enero de 1904 estalla el levantamiento de los herero al mando de su jefe Samuel Maharero. Al principio, con sus 6000 guerreros operando desde Okahandja, causa serias pérdidas a la tropa alemana de protección y a los colonos. Recién después lograr refuerzos y cañones y de que el general hábil Lothar von Trotha toma el mando, la historia toma otro rumbo.

Los herero son derrotados y exterminados en el combate de Waterberg el 12 de agosto de 1904. Los sobrevivientes —incluyendo mujeres y niños— se ven obligados a huir hacia la planicie de Omaheke, carente de agua y situada en el Kalahari, donde muchos mueren de sed.

Sólo dos meses después, en octubre de 1904, los nama del sur se levantan nuevamente contra los ocupantes alemanes, después de que aquéllos desperdiciaran la oportunidad histórica de unirse oportunamente con los herero y contra los alemanes. A pesar de ello, las luchas siguen hasta marzo de 1907 y finalizan con la firma de los llamados tratados de protección.

Luego se da paso a la época dorada de la colonia alemana del sudoeste de �frica. En unos pocos años, la cantidad de colonos se multiplica por 10. En 1908 se descubren, además, ricos yacimientos de diamantes en las cercanías de Lüderitz. Se desarrolla la minería también en otros lugares, por ejemplo en Tsumeb y Otavi. Pero el inicio de la Primera Guerra Mundial depara a la joven colonia alemana un duro final. En 1915, en Tsumeb, las tropas alemanas de protección capitulan ante las tropas británicas y sudafricanas. El �frica alemana del sudoeste se convierte en protectorado de la Unión de Sudáfrica.

Con el Tratado de Versailles, en 1919 se declara el �frica Alemana del Sudoeste territorio bajo mandato de la Sociedad de las Naciones con administración a cargo de Sudáfrica. El alemán pierde el status de lengua oficial. Si bien abandonan el país 4000 alemanes, la mayoría se queda. Sudáfrica puebla el país con ganaderos, especialmente el sur. En 1951, la desdichada legislación sudafricana del Apartheid (separación de razas) se transfiere a �frica del sudoeste. Al imponerse el plan Odendaal, se crean entre 1964 y 1966 "homelands". Los negros son obligados a trasladarse a otro lugar.

En 1966, la ONU le quita el mandato a Sudáfrica. Sin embargo, Sudáfrica no reconoce esta resolución y se niega a transferir a la ONU el control del país. Ese mismo año, la SWAPO (South-West African Peoples Organisation), bajo la dirección de su presidente Sam Nujoma, comienza la lucha armada por la liberación. Su escenario es fundamentalmente Ovamboland, en la frontera con Angola, en el noroeste.

El conflicto entre la ONU y Sudáfrica como así también la lucha de liberación armada comenzada por la SWAPO duran 23 años. El 11 de noviembre de 1989 tienen lugar las primeras elecciones libres para la asamblea constituyente. La SWAPO triunfa en las elecciones con el 57% de los sufragios. En 1990 se aprueba la constitución. Sam Nujoma se convierte en presidente. Namibia pasa a ser el 151º miembro de las Naciones Unidas.

En 1993, Namibia comienza a acuñar una moneda propia. Sin embargo, el dólar de Namibia (N$, NAD) pasa a estar sujeto al rand de Sudáfrica, debido a que la economía de Namibia sigue estando muy ligada a la economía de Sudáfrica. En 1994, Sudáfrica cede a Namibia Walvis Bay, el único puerto de Namibia de aguas profundas con relevancia económica. De este modo se da el último paso en el camino de la independencia de Namibia.